目前的医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。对于小的肾囊肿,无症状时不需要做任何治疗,但要定期复查,观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查,包括尿常规、尿培养,每半年至一年进行一次肾功能检查,包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因,所以若非十分必要,不要进行尿路创伤性检查。肾囊肿穿刺作用不大,不仅易于感染,易于复发,而且经过长期观察,该术也不能延缓肾功能损坏的发生。手术切除囊肿也不是一件容易的事,因为肾表面的囊肿可以切掉,但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时,可以进行手术探查,如果证实为良性囊肿,可将肾表面的囊壁切除,边缘用肠线与肾实质连续缝合,残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏,对侧肾功能正常者,可行肾切除术。